CERGE-EI má aktuálně více než 600 absolventů doktorského programu Ekonomie a ekonometrie a magisterských programů Aplikovaná ekonomie a  Ekonomický výzkum. 40 % absolventů doktorského studia našlo uplatnění v akademické sféře a výzkumu, 24 % v centrálních bankách a mezinárodních organizacích a 33 % v soukromém sektoru. Téměř 70 % absolventů magisterského oboru Aplikovaná ekonomie je zaměstnáno v soukromém sektoru.

Absolventi CERGE-EI působí po celém světě, v současné době ve více než 40 zemích.